Sureagavusi į Valstybės kontrolės audito metu išsakytas pastabas, Švietimo ir mokslo ministerija 2012 m. lėšas nevalstybinėms religinėms mokykloms ir Vilkaviškio vyskupijos Krikščioniškosios kultūros centrui skiria tinkamai. Ministerija taip pat tinkamai suplanavo 2012 m. lėšų skyrimą savivaldybėms, kad būtų finansuojamos ikimokyklinio ugdymo įstaigos. Dėl šių ataskaitoje išvardintų pastebėjimų valstybė nuostolių nepatyrė.

Dėl valstybės lėšų ir turto naudojimo Nacionalinėje Mikalojaus Konstantino Čiurlionio menų mokykloje bus atliktas visapusiškas veiklos ir finansinis auditas. Kai ministerija gaus sprendimą, bus nuspręsta, kokias drausmines poveikio priemones taikyti.

Vyriausiajai tarnybinės etikos komisijai įpareigojus, Švietimo ir mokslo ministerija parengė ir Radviliškio technologijų ir verslo mokymo centro direktoriui išsiuntė rašytines rekomendacijas, kaip elgtis tarnybinėje veikloje kilus viešųjų interesų konfliktinei situacijai.

Švietimo ir mokslo ministerija, gavusi klaidinančią informaciją iš Raseinių technologijos ir verslo mokyklos apie tai, kad garažo pastatas nugriautas, parengė nurašymo ir likvidavimo aktą. Išaiškėjus, kad pastatas dar nenugriautas, ministerijos nurodymu, Raseinių technologijos ir verslo mokykla pasamdė įmonę, kuri atliko griovimo darbus. Likusias po griovimo antrines žaliavas mokykla pardavė antrinių žaliavų tvarkytojams.

Sutartis kompiuterinei įrangai įsigyti su UAB „Aideta“ buvo sudaryta laikantis visų 2008 m. galiojusių Viešųjų pirkimų įstatymo procedūrų. Laimėtoju buvo paskelbtas kvalifikacinius reikalavimus atitikęs ir pigiausią pasiūlymą pateikęs tiekėjas. Šio pirkimo procedūroje kilus ginčų tarp tiekėjų, Viešųjų pirkimų tarnyba nagrinėjo konkursinę medžiagą. Ministerija nesutinka su Valstybės kontrolės traktavimu, jog buvo pakeistos pasiūlymuose nustatytos sąlygos. Jos pakeistos nebuvo.

Deja, bendrovė bankrutavo, ko ministerija negalėjo numatyti. Pradėjus bankroto procedūrą ministerijos atstovai nuolatos dalyvavo kreditorių susirinkimuose, tačiau pagal teisės aktus ji buvo tik trečios eilės kreditorė. Kadangi bendrovė „Aideta“ realaus turto beveik neturėjo, nebuvo galimybės atgauti nors dalį lėšų. Valstybės kontrolės auditoriai, ne kartą atlikdami auditą, žinojo šią 2008–2009 m. įvykusią situaciją, tačiau savo išvadų iki šiol kažkodėl nebuvo pateikę.

Švietimo ir mokslo ministerija raštu kreipėsi į Valstybės kontrolę prašydama pakoreguoti valstybinio audito ataskaitą.